Er erlag am 1. November den Komplikationen nach einer Herz-OP. Der Rektor der Evangelischen Universität von Paraguay, Doktor Esteban Missena, gab in einem Kommuniqué bekannt, dass aus diesem Anlass am 2. November an allen Einrichtungen der Evangelischen Universität von Paraguay der Betrieb ruhen würde.
Helmut Siemens war bis zu seinem Tod Akademischer Leiter des CEMTA und Dekan der Theologischen Fakultät der UEP, sowie Mitglied im Verwaltungsrat der Universität. In den Jahren 2007 bis 2009 und 2012 bis 2020 war er zudem Dekan der Musikfakultät, Theologieprofessor und Generaldirektor des Campus CEMTA. Die Universität gibt Siemens folgendes Zeugnis aus Römer 14 Vers 8: „Leben wir, so leben wir dem Herrn, sterben wir, so sterben wir dem Herrn. Ob wir leben oder ob wir sterben, wir gehören dem Herrn.“ (Kommuniqué UEP/ZP-30)
